Богослужбову практику проходив в Свято-Троїцькому соборі м. Підволочиськ. В листопаді 2001 року преосвященнійшим Михаїлом, єпископом Сумським і Охтирським, прийнятий в клір Сумської єпархії. 24 лютого 2002 року єпископом Сумським і Охтирським Михаїлом пострижений в рясофор з ім’ям Афанасій в храмі Різдва Пресвятої Богородиці м. Суми. 6 червня 2002 року призначений настоятелем храму Різдва Пресвятої Богородиці м. Суми. 24 березня 2003 року керуючим єпархії преосвященнійшим Флавіаном призначений настоятелем релігійної громади Покрови Пресвятої Богородиці м. Суми та благочинним Сумського району. 19 грудня 2007 року преосвященнійшим Мефодієм в Свято-Воскресенському кафедральному соборі пострижений в малу схиму з ім’ям Афанасій на честь свт. Афанасія Великого, архиєп. Олександрійського та 1 січня 2008 року призначений прес-секретарем Сумської єпархії. До свята Пасхи Христової 2009 року з благословення Святійшого Патріарха Київського і всієї Руси-України Філарета возведений в сан ігумена. В 2010 році вступив на 5-й курс Івано-Франківського богословського інституту і у 2011 р. захистив магістерську роботу на тему «Розвиток церковного хорового співу в Україні XI-XVII ст. і його роль в богослужіннях». 27 липня 2011 р. Священним Синодом УПЦ Київського Патріархату був обраний єпископом Конотопським, вікарієм Сумської єпархії. 21 серпня 2011 року, в 10-ту неділю після П’ятдесятниці, у Свято-Володимирському патріаршому кафедральному соборі міста Києва відбулася архієрейська хіротонія.